Das Fächerspektrum der Europa-Universität Flensburg umfasst Geisteswissenschaften und Theologien, Kunst, Textil und Musik, Erziehungswissenschaften, Schulpädagogik, Sonderpädagogik, Mathematik, Naturwissenschaften, Technik, Sachunterricht, Gesundheits- und Ernährungswissenschaften, Sprach-, Kultur- und Medienwissenschaften, Europawissenschaften, Sportwissenschaften, Wirtschafts-, Gesellschafts- und Sozialwissenschaften.
Schwerpunkte liegen im Bereich der Lehrerinnen- und Lehrerbildung sowie dem Internationalen Management.